Theo xác định của tỉnh Quảng Ninh, thời gian gần đây, trên khu vực vịnh Bái Tử Long và các đảo thuộc huyện Vân Đồn xuất hiện thực trạng người dân nuôi trồng thủy sản, chủ yếu là nuôi cá lồng bè không theo quy hoạch, không được sự chấp thuận của chính quyền địa phương. Cá biệt, có những hộ thực hiện thả lồng, nuôi cá lồng bè; thả lồng tre, quây phao để nuôi ngao, nuôi hàu lấn cả vào luồng giao thông đường thủy nội địa trên vịnh Bái Tử Long, tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông đường thủy.
Theo chỉ đạo của tỉnh Quảng Ninh, trong năm 2020, BQL Vườn quốc gia Bái Tử Long, huyện Vân Đồn cũng như sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phải di dời các cơ sở nuôi trồng thủy sản nằm ngoài quy hoạch hoặc không phù hợp quy hoạch vào các địa điểm đã được quy hoạch nuôi trồng thủy sản.
Quảng Ninh cũng yêu cầu BQL Vườn quốc gia Bái Tử Long lập đề án phát triển nuôi trồng thủy sản đối với diện tích được nuôi trồng thủy sản trên vịnh Bái Tử Long để tỉnh Quảng Ninh cập nhật, phê duyệt vào quy hoạch, kế hoạch khu vực biển được phát triển nuôi trồng thủy sản.
Theo thống kê chưa đầy đủ từ huyện Vân Đồn, tại các vùng nước nội thủy thuộc quyền quản lý của huyện Vân Đồn trên vịnh Bái Tử Long hiện có 14 tổ chức và 1.163 hộ gia đình, cá nhân đang sử dụng đất bãi triều, mặt nước vịnh Bái Tử Long để nuôi trồng thủy sản. Trong số này có 414 tổ chức, hộ gia đình, cá nhân có quyết định giao đất, cho thuê mặt nước nuôi trồng thủy sản, với tổng diện tích khoảng 959ha. Còn lại 749 hộ dân chưa được cấp phép, nuôi trồng tự phát hoặc nằm ngoài quy hoạch với tổng diện tích 591ha mặt nước biển.
Đối với các hộ gia đình có quyết định giao, cho thuê mặt nước nuôi trồng thủy sản cũng có 82 trường hợp đến nay không còn phù hợp quy hoạch, 161 trường hợp đã hết thời hạn giao đất, thuê mặt nước nuôi trồng thủy sản.
