Với 477/480 đại biểu biểu tán thành, Nghị quyết được thông qua quy định thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù đối với tỉnh Khánh Hòa về quản lý tài chính, ngân sách Nhà nước; phân cấp quản lý nhà nước trong lĩnh vực quy hoạch, đất đai, môi trường; tách dự án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, giải phóng mặt bằng ra khỏi dự án đầu tư công; phát triển Khu kinh tế Vân Phong và phát triển kinh tế biển tại tỉnh Khánh Hòa. Cụ thể:
Về quản lý tài chính, ngân sách Nhà nước, Nghị quyết quy định, hằng năm, ngân sách trung ương bổ sung có mục tiêu cho ngân sách tỉnh không quá 70% số tăng thu ngân sách trung ương từ các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách tỉnh so với dự toán được Thủ tướng Chính phủ giao. Việc xác định số bổ sung có mục tiêu trên cơ sở tổng các khoản thu, không tính riêng từng khoản thu.
Tỉnh được vay thông qua phát hành trái phiếu chính quyền địa phương, vay từ các tổ chức tài chính trong nước, các tổ chức khác trong nước và từ nguồn vay nước ngoài của Chính phủ. HĐND tỉnh quyết định cho phép các huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh được sử dụng ngân sách các huyện, thị xã, thành phố và các nguồn hợp pháp khác để hỗ trợ huyện Khánh Sơn và huyện Khánh Vĩnh trong việc phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, dịch bệnh, thực hiện các Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững, xây dựng nông thôn mới và phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi.
Về quản lý quy hoạch, trên cơ sở đồ án quy hoạch xây dựng khu chức năng, quy hoạch đô thị đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Thủ tướng quyết định việc phân cấp cho UBND tỉnh thực hiện phê duyệt điều chỉnh cục bộ quy hoạch chung xây dựng khu chức năng, điều chỉnh cục bộ quy hoạch chung đô thị theo trình tự, thủ tục do Thủ tướng Chính phủ quy định và báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện.
Về quản lý đất đai, Nghị quyết quy định HĐND tỉnh quyết định chuyển mục đích sử dụng đất trồng lúa dưới 500 ha; quyết định chủ trương chuyển mục đích sử dụng rừng sản xuất dưới 1.000 ha theo ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ.
Ngoài ra, Nghị quyết cũng quy định HĐND tỉnh quyết định chủ trương đầu tư dự án tổng thể có quy mô dự án nhóm B thuộc lĩnh vực giao thông, thủy lợi theo quy định về đầu tư công, có quyền quyết định cho phép tách riêng công tác bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, giải phóng mặt bằng thành dự án độc lập khi phê duyệt chủ trương đầu tư dự án tổng thể; quyết định mục tiêu, quy mô, tổng mức đầu tư, cơ cấu nguồn vốn, địa điểm đầu tư của dự án này.
Về phát triển Khu kinh tế Vân Phong, Nghị quyết cũng quy định danh mục ngành, nghề ưu tiên thu hút đầu tư vào Khu kinh tế Vân Phong như đầu tư xây dựng trung tâm đổi mới sáng tạo, trung tâm nghiên cứu và phát triển, đầu tư công nghiệp năng lượng sạch, công nghiệp chế biến, chế tạo công nghệ cao, xây dựng và kinh doanh sân bay, đầu tư bến cảng, khu bến cảng thuộc cảng biển đặc biệt, dịch vụ logistics,…
Về phát triển kinh tế biển tại tỉnh Khánh Hòa, UBND tỉnh giao khu vực biển để nuôi trồng thuỷ sản trên biển và cấp phép nuôi trồng thủy sản trên biển cho nhà đầu tư trong nước trong khu vực biển ngoài 06 hải lý, khu vực biển nằm đồng thời trong và ngoài 6 hải lý.
Miễn tiền sử dụng khu vực biển trong 15 năm đối với diện tích khu vực biển được giao để thực hiện dự án nuôi trồng thuỷ sản trên biển của tổ chức, cá nhân là nhà đầu tư trong nước có hoạt động nuôi trồng thuỷ sản trên biển từ 3 hải lý đến 6 hải lý,...
Ngoài ra, Nghị quyết cũng cho phép thành lập Quỹ hỗ trợ phát triển nghề cá Khánh Hòa để bổ sung nguồn lực phục vụ việc phát triển nghề cá, đầu tư cho các hạng mục, công trình hạ tầng cảng cá, cơ sở chế biến, dịch vụ hậu cần nghề cá và các công trình thiết yếu khác phòng, chống thiên tai, phục vụ dân sinh tại huyện Trường Sa chưa được ngân sách nhà nước đầu tư hoặc đầu tư chưa đủ.