Để có sản phẩm sạch, yếu tố cần thiết đầu tiên là công đoạn sản xuất nguyên liệu. Trong khi chi phí sản xuất sạch cao hơn rất nhiều so với sản xuất truyền thống. Chi phí cao nhưng giá thành phẩm chưa được người tiêu dùng đón nhận, đây chính là yếu tố làm nản lòng nhà sản xuất.
Mặt hàng gạo Organic mà Tổng công ty Thương mại Sài Gòn (Satra) sản xuất cũng mất rất nhiều công sức. Công ty phải mất 2 năm chuẩn bị mới có thành phẩm gạo sạch. Chi phí đầu tư cho 1 kg gạo VietGAP cao hơn 12.000đ/kg so với sản xuất gạo thông thường nên gạo thành phẩm phải bán trên 30.000đ thì doanh nghiệp mới thu hồi được vốn. Tuy nhiên, đối tượng khách hàng cũng chưa rộng, bởi mức thu nhập của người dân còn thấp. Vì thế, chỉ một thời gian ngắn thí điểm, sản phẩm gạo sạch ở An Giang do tỉnh hỗ trợ trên 37,8ha đã phải từ bỏ.
Theo bà Vũ Thị Quyền, Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu và Tư vấn nông nghiệp nhiệt đới TP.HCM, nhiều người nhầm tưởng nông nghiệp xanh là nông nghiệp hữu cơ, nhưng thực tế là nông nghiệp xanh lại là cả quá trình sản xuất hạn chế tác động đến môi trường và con người. Theo đó, nguồn đất trồng phải sạch và chỉ được bổ sung các loại dinh dưỡng hữu cơ.
Viện Nghiên cứu nông nghiệp hữu cơ (FiBL) thống kê, diện tích sản xuất nông nghiệp hữu cơ của Việt Nam đạt trên 43.000ha, đứng thứ 56/172 nước trên thế giới, thứ 3 trong ASEAN.
Theo Cục Trồng trọt, đến hết năm 2016, cả nước có 26 cơ sở sản xuất hữu cơ ở 15 tỉnh, thành, với tổng diện tích 4.100ha. Chủ yếu trồng dừa, chè, lúa, rau. Một số mô hình có kết quả khá hiệu quả như nuôi cá hữu cơ (An Giang), tôm sinh thái ở rừng ngập mặn Cà Mau. Hiện, tôm và cá đã có chứng nhận hữu cơ với tổng diện tích 10.000ha, xuất khẩu sang EU. Một số doanh nghiệp đi đầu trong sản xuất hữu cơ như công ty Viễn Phú sản xuất lúa, cá tại Cà Mau, công ty Organic Đà Lạt sản xuất rau hữu cơ.
Một trong những vấn đề quan tâm đối với khái niệm sản xuất sạch hơn trong nông nghiệp là tạo ra các sản phẩm an toàn. Nhiều cơ quan, tổ chức tại nhiều địa phương đã có những nghiên cứu và xây dựng nhiều mô hình sản xuất an toàn.
Đến tháng 6/2017, cả nước có 1.390 cơ sở có chứng nhận VietGAP đang còn hiệu lực, với 18.235,81ha, trong đó cà phê chiếm 127ha, chè là 1.933,8ha, lúa là 993,5ha, cây ăn trái chiếm 10.796ha, rau là 4.385ha.
Theo dự báo của các chuyên gia, thị trường nội địa sẽ tăng đối trọng với thị trường xuất khẩu trước những thay đổi lớn về điều kiện kinh tế, xã hội. Do vậy, làm nông nghiệp cần có tầm nhìn vượt lên hoạt động sản xuất nông nghiệp để đáp ứng nhu cầu của Việt Nam. Vấn đề an toàn thực phẩm sẽ rất khó kiểm soát bởi hoạt động sản xuất, chế biến, đóng gói phần lớn các mặt hàng đều thực hiện ngoài địa phương.
Lượng rau trồng tại TP.HCM mới chỉ cân đối được 25,5%, nhu cầu thị trường, còn lại phải nhập từ các tỉnh. Phương pháp sản xuất truy xuất nguồn gốc vẫn gặp khó khăn do những vùng không có mạng thông tin thì khó truy xuất. Tiếp đó là việc gắn từng con chíp, tem dán trên từng sản phẩm sẽ làm tốn chi phí, đội giá thành. Do vậy, cần có nhiều bên tham gia vào quy trình sản xuất sạch để giảm chi phí và phổ cập thông tin đến người dân mọi vùng miền. Ngoài ra, để có sản phẩm xanh, sạch cần phải đầu tư, chấp nhập một phần chi phí.
