Ứng dụng
Cũng như Windows Phone hay Tizen, vấn đề lớn của HarmonyOS đó là ứng dụng liệu có được phát triển đầy đủ và phong phú như cách mà Android và iOS đang có hay không. Windows Phone từng thất bại vì thiếu app mặc dù Microsoft đã bỏ rất nhiều tiền của công sức và cả xây dựng cộng đồng developer nhưng cũng không thành công. HarmonyOS dễ đi vào vòng lặp không hồi kết: developer không làm app vì không có nhiều người dùng - mà nếu không có app thì chẳng ai mua điện thoại cả.
Huawei có chia sẻ rằng lập trình viên có thể port các ứng dụng Android sang HarmonyOS "dễ dàng", nhưng chưa rõ dễ tới mức nào. Gần như mọi app Android đều phải dùng các tính năng cần tới bộ API của riêng Android, ví dụ như microphone, cảm biến vân tay, camera, định vị... nên khi di chuyển sang HarmonyOS thì chắc chắn phải viết lại khá nhiều. Công sức, thời gian và tiền bạc để duy trì app cho một hệ điều hành thứ 3 có thể sẽ không đáng để các công ty đổ tiền vào phát triển ứng dụng cho HarmonyOS.
Điều này càng rõ nét hơn khi ở thời gian đầu HarmonyOS chủ yếu dành cho các thiết bị smartwatch, IoT, và dòng thiết bị "smart screen" chứ không nhắm tới smartphone. CEO Huawei cho biết công ty vẫn sẽ tiếp tục dùng Android cho điện thoại cho tới khi nào không thể làm điều đó được nữa (ám chỉ việc bị Mỹ cấm hoàn tiện việc tiếp cận với Android, nhưng hiện tại thì lệnh giới hạn này đã được nới lỏng rồi). Nói cách khác, ở thời gian đầu lập trình viên cũng không có động lực để làm app cho HarmonyOS.
Thiết bị và màn hình
Một vấn đề của hệ điều hành đa nền tảng đó là việc điều chỉnh cho một app chạy được tốt trên mọi thiết bị sẽ trở nên khó khăn hơn và mất thời gian hơn. iOS và Android đều đã từng giải quyết bài toán này và hiện tại thì họ đang làm khá ổn. Thời gian đầu có thể Huawei sẽ gặp chút ít khó khăn trong việc hỗ trợ lập trình viên làm app 1 lần và chạy ở mọi loại thiết bị, nhưng rồi họ sẽ học thêm kinh nghiệm và đưa ra những công cụ tốt hơn mà thôi, không có gì căng thẳng.
Phát triển quốc tế
Có thể ở thị trường Trung Quốc, Huawei sẽ đủ sức thuyết phục lập trình viên làm app riêng cho HarmonyOS vì họ có đông người dùng ở đây, nhưng trên phần còn lại của thế giới thì không chắc. Và Huawei thì lại đang mong muốn tiến ra thị trường toàn cầu chứ không chỉ sống ở Trung Quốc nữa, bằng chứng là trong các năm qua họ đẩy cực mạnh dòng Huawei P và Pro ở khu vực Đông Nam Á, Mỹ và cả Châu Âu. Thực tế là thị phần Huawei ở những khu vực này cũng khá tốt đấy chứ không phải là tệ.
Điều đó sẽ là khó khăn nếu HarmonyOS chọn dùng làm hệ điều hành cho điện thoại Huawei trên thị trường toàn cầu, và vết xe đổ cho việc thiếu hụt app của Tizen hay Windows Phone vẫn còn rõ ràng trước mắt. Mà đó là khi Windows Phone là một OS có thể dùng cho nhiều nhà sản xuất khác nhau đấy nhé, chứ còn HarmonyOS thì khác vì nó bị trói buộc vào Huawei. Xiaomi, Vivo, Oppo và nhiều hãng điện thoại khác không có lý do để đem HarmonyOS lên smartphone của họ.
Một điều không thể phủ nhận là HarmonyOS, hay hệ điều hành Fuschia của Google, chính là đại diện cho một tương lai hệ điều hành khác biệt so với hiện nay. Thay vì làm ra một OS cho mỗi loại thiết bị, chúng ta có thể thấy xu hướng dùng chung một nền tảng, và smartphone sẽ là một trong số những loại thiết bị được hỗ trợ. Nhưng cũng như Fuschia, HarmonyOS vẫn chưa sẵn sàng cho điện thoại, và để điều đó diễn ra sẽ cần một thời gian dài nữa, hoặc một sự đột phá rất lớn nào đó từ Huawei trong việc chiêu dụ app lên HarmonyOS.